O Primeira Camisa nasceu como um projeto idealizado por Roque Júnior na cidade de São José dos Campos. Depois de jogar no Brasil, Itália,
Inglaterra e Alemanha, e Seleção Brasileira, ele desenvolveu a ideia de oferecer aos garotos uma oportunidade de jogar futebol com uma infra estrutura organizada e planejada. O Projeto Primeira Camisa surgiu em dezembro de 2005, e firmava parceria com as categorias de base do São José, disputando suas primeiras competições oficiais: os campeonatos estaduais sub 15, 17 e 20, nos quais as equipes conseguiram a classificação para a segunda fase.
Os bons resultados logo colocaram o Primeira Camisa em condições de alçar voos mais altos. Em 2 de março de 2007, data de sua fundação
oficial, iniciou-se uma nova fase. O Projeto Primeira Camisa virou Futebol Clube Primeira Camisa e inscreveu-se para disputar seus primeiros torneios de forma independente.
Novamente, o clube alcançou a segunda fase do Campeonato Paulista nas categorias sub-15, sub-17 e sub-20. A campanha do Primeira Camisa foi tão positiva, que o clube deu início ao futebol profissional em 2008, o que estava previsto apenas para 2010. No ano de sua estreia com o futebol profissional na Segunda Divisão do Campeonato Paulista, o Primeira Camisa ficou a um passo da classificação, ao terminar a campanha em quinto lugar de seu grupo.
E logo em 2008 já conquistou o primeiro título: o Campeonato Paulista sub-20, após derrotar o Comercial EC de Registro no estádio ADC
Parayba, em São José dos campos, no dia 29 de novembro daquele ano. Na campanha, foram 13 vitórias, três empates e apenas duas derrotas, com 58 gols marcados e uma média superior a três gols por partida. Na ocasião, Cecel foi o artilheiro da competição com 12 gols marcados.
Em 2009 e 2010, o FC Primeira Camisa chegou até a segunda fase do Campeonato Paulista da Segunda Divisão, e continuou com bons desempenhos nas categorias de base. Ainda em 2010, o FC Primeira Camisa disputou sua primeira Copa São Paulo. O Formigão estava no Grupo F, com sede em São Bernardo do Campo, ao lado de Fluminense-RJ, XV de Jaú e São Bernardo FC, e não desapontou: avançou na liderança, com duas vitórias e um empate. Venceu o São Bernardo por 3 a 0; empatou com o Fluminense em 3 a 3; e venceu o XV de Jaú por
2 a 1. Na segunda fase, acabou superado pelo Guarani por 3 a 2. Foi a melhor campanha daquela edição de um clube de São José dos Campos.
Em 2011, novamente o FC Primeira Camisa avançou de fase na Copa São Paulo de Futebol Júnior, após terminar na segunda colocação do Grupo Q, com sede em Piracicaba. Repetindo o ano anterior, o Formigão terminou a primeira fase novamente invicto, com duas vitórias e um empate. Diante de Internacional-RS, XV de Piracicaba e 7 de Setembro-MS. A equipe acabou eliminada pelo Inter na segunda fase, por 3 a 2.
No mesmo ano, o FC Primeira Camisa quase conquistou o acesso para o Campeonato Paulista da Série A3, chegando até a última rodada da quarta fase com chances de subir de divisão.
Em 2012, o FC Primeira Camisa disputou a Copa São Paulo de Futebol Júnior atuando em São José dos Campos e fez sua melhor campanha. Pelo terceiro ano consecutivo, o Formigão terminou a primeira fase invicto. No Grupo P, ao lado de Cruzeiro-DF, Ceará e XV de Piracicaba, avançou para a segunda fase na liderança, com duas vitórias e um empate. Na segunda fase, eliminou o Taubaté após vitória por 2 a 0. Acabou eliminado na terceira fase pelo Corinthians, que conquistaria o título naquele ano. Essa partida acabou sendo a última do FC Primeira Camisa antes do afastamento das competições.
Em 2026, o FC Primeira Camisa retomou suas atividades disputando o campeonato Paulista nas categorias sub-11, 12, 13, 14, 15, 17 e 20. O retorno tem como novidade uma parceria com a Prefeitura de São José dos Campos, através do programa “Atleta Cidadão”. O “Atleta Cidadão” é um programa de formação esportiva para jovens da cidade e região, com acompanhamento técnico e educacional, além de fortalecer a cidadania e estimular o desempenho escolar. Já em 2026, representando a cidade de São José dos Campos nos Jogos Regionais, o FC Primeira Camisa foi campeão.
